Madrasah Tsanawiyah Mujahidin Slumbung didirikan pada tahun 1983 di bawah naungan Yayasan Pendidikan Islam Mujahidin Slumbung. Madrasah Tsanawiyah Mujahidin didirikan karena masyarakat desa Slumbung setelah anak-anak mereka lulus dari sekolah dasar banyak yang melanjutkan ke luar desa Slumbung yang berakibat anak-anak yang menempuh pendidikan di Madrasah Diniyah Tarbiyatul Mubtadi-ien Slumbung menjadi terputus karena sekolah mereka jauh sehingga sore harinya tidak bisa bersekolah di Madrasah Diniyah Tarbiyatul Mubtadi-en Slumbung.

Atas dasar pertimbangan tersebut maka Yayasan Pendidikan Islam Mujahidin Slumbung yang menaungi Madrasah Diniyah Tarbiyatul Mubtadi-en mendirikan MTs. Mujahidin. Dalam perjalannya MTs Mujahidin Slumbung semakin diminati tidak hanya oleh masyarakat desa Slumbung tapi desa-desa di sekitar desa Slumbung.

Pada tahun 1984 MTs. Mujahidin memiliki status Terdaftar dari Departemen Agama Kabupaten Kediri dan pada tahun 1994 s.d. 1999 dan 1999 s.d. 2004 statusnya berubah menjadi Diakui. Pada tahun 2005 s.d. 2009 dan 2011 s.d. 2017 statusnya Terakreditasi B.